淡水水产养殖中的常见藻类大致分为：蓝藻门、裸藻门、金藻门、甲藻门、隐藻门、硅藻门、绿藻门、黄藻门等。蓝藻、微囊藻（死亡后产生的毒素更大，抑制其它藻类生长）；螺旋藻（不易消化）、颤藻（不易消化）、平裂藻、项圈藻、鱼腥藻、微囊藻（易产生水华）。其中有的是有益藻类，则有的是有害藻。
蓝藻
蓝藻的习性
蓝藻的发生很大程度上取决于温度。蓝藻繁殖时对温度敏感，水温在17℃以下时，不会大量发生，或者不会对鱼类构成危害。当水温上升到28℃时，由于其它藻类的生长受到抑制，同时又大量被鱼类吞食(温度高鱼类摄食代谢增强)，蓝藻很容易形成优势种群而大量爆发。
1.pH值：
藻类喜欢偏碱性的水体，高pH(pH8.0~pH9.5)会促进蓝藻的发生，故应避免单一使用泼洒石灰水的方法改善水质。
2.氮磷比：
蓝藻既可利用水体中的氮，又具有更高的利用磷的能力，低氮磷比或含磷较高富营养化的水体都可能导致蓝藻的大量发生。适当提高氮磷比可在一定程度上抑制的蓝藻的生长。
3.生态关系：
蓝藻与其它藻类一起构成池塘生态系统的生产者，提供了89%以上的溶氧。因此这些生产者除了参与生态系统的物质循环外，还影响到鱼类的生存。
4.蓝藻水华的成因：
不同阶段的关键因素不同，一般可以将蓝藻水华的形成分为四个阶段：休眠、复苏、生物量增加、上浮。上浮后形成蓝藻水华，然后开始出现转水。
5.蓝藻的危害：
蓝藻可以改变膨压，在高温强光照的天气情况下，聚集在水体表层，吸收了大部分的阳光，在自己大量繁殖的同时抑制其它藻类的生长。蓝藻的大量繁殖，不断向水体分泌有毒代谢物质，从而影响浮游生物的种群演替、繁殖周期，还可引起一些浮游动物的大量死亡。
蓝藻大量发生的危害
蓝藻颗粒很难被鱼类消化，大量繁殖后很快就会成为绝对优势种群。这种通过种空间竞争形成的过度繁殖，必然也会带来种内斗争，这种内斗的结果又将导致大量的蓝藻死亡。蓝藻的大量死亡使得水体的生产者锐减，造成水体中的溶氧供应严重不足。同时，蓝藻死亡分解也会消耗大量的溶氧，释放大量羟胺、硫化氢等有毒物质。在严重缺氧和有毒物质存的条件下，鱼、虾、蟹类会大量死亡，甚至全部死亡。
控制蓝藻的方法
1.彻底清塘消毒，加注不带蓝藻的新鲜水：
由于蓝藻比其它藻类具有更强的竞争力，因此控制措施以预防为主、防重于治。彻底清塘消毒可有效杀灭蓝藻、降低基数，可减少大规模发生的可能。同时应注意避免随加水带入蓝藻，对控制蓝藻也有积极意义。
2.定期换鲜水：
对于含有较多蓝藻的池塘，经常大量地换新鲜水，可稀释蓝藻的浓度。同时也稀释了蓝藻分泌的毒物浓度，促进其它藻类的生长和保持整个生态系统的动态平衡。当蓝藻大量发生时，可选用争跃杀藻药物局部杀藻，三天后重新培养藻类。
3.放养一定数量的滤食性鱼类：
虽然蓝藻不易被消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，在一定程度上延缓、阻碍了蓝藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢、白鲫等。实践表明放养一定数量的滤食性鱼类时，基本不会爆发蓝藻。
裸藻
1.裸藻的发生产生裸藻水华的水环境：
裸藻喜生长在有机质丰富、静止无流水的小水体中，并在营养充足时大量繁殖形成水华，成为水体中优势种迅速占领整个水表面。
2.水华形成的适宜温度和季节：
裸藻适宜生存的温度范围较广。水华形成的适宜温度为20～35℃，生长期横跨春、夏、秋三个季节，尤以6、7、8、9月份生长最旺盛。
3.裸藻的危害：
裸藻难消化，利用率低，鱼类不喜摄食；裸藻大量死亡时容易败坏水质，分泌的物质还对鱼、虾、蟹类产生毒害作用。
4.裸藻的防治：
大量换水，使水体形成微流水。由于裸藻喜在有机质丰富、静止无流水的小水体生活，大量换水能改变这种环境，使得裸藻不易在流水中或新水中繁殖。也可以用杀藻药物进行局部杀藻，三天后用渔肥进行肥水，有良好的效果。
金藻、三毛金藻
1.三毛金藻的发生：
主要发生在沿海盐碱地区盐碱度较高的池塘。发病池水质清瘦，水中没有别的藻类，水色为淡黄色。
2.三毛金藻中毒的症状：
池面上布满鱼类，大多停留在四角及浅水池边，头朝岸边、排列整齐、在水面下静止不动、也不浮头，受到惊扰也无反应。随机捞取濒临死亡的白鲢、鲫鱼观察，可发现体表鳍基部充血，鱼体后部颜色变浅；打开鳃盖发现鳃内有大量粘液，鳃丝轻度腐烂；解剖鱼体，肠道无食，无明显病灶。
3.三毛金藻的防治：
向池内注入水质较肥的河水或临近池塘的肥水，中毒症状可暂时得到缓解。全池泼洒20g/m3的硫酸铵，使水中的氨离子达 0.06～0.10g/m3，以抑制或杀死三毛金藻。
甲藻、裸甲藻、飞燕角甲藻
甲藻喜欢生长在有机物质多、硬度大、微碱性的水体中。它们大理繁殖时，水呈红棕色俗称“红水”。
甲藻的危害：甲藻为一大类鞭毛藻的总称，体呈卵圆形，大量繁殖时，常可改变其生活水域的颜色，有些甲藻可以作为某些水产幼体的饵料，但其中有些类群，在繁殖过程中，可产生多种毒素，引起鱼类的神经麻木，代谢失调及呼吸障碍，最后导致死亡。卵甲藻还能附在鱼身上，过寄生生活，吸收鱼体养料，刺激鱼体增生粘液，使鱼体像涂了一层米粉似的，故称“打粉病”，甲藻的防控同蓝藻。
隐藻
隐藻的优点隐藻是天然水域中最重要的鞭毛藻之一，隐藻含量丰富的水塘具有很高的生产力。隐藻的蛋白质含量较高(50%～70% )，而且某些种类，如卵形隐藻(Cryptom onas ovata)还含有较为丰富的不饱和脂肪酸，特别是具有较高营养价值的GLA (十八碳三烯酸)和EPA (二十碳五烯酸)，它们分别占总脂肪酸含量的20%、16%和4%。隐藻有较高的营养价值，加之其无纤维素的细胞壁极易被消化吸收。因而，是鱼类及某些珍贵水产养殖动物的优质饵料之一。
隐藻的缺点：隐藻的生长周期较短，容易发死亡，水色为灰褐色。
硅藻：小环藻、舟形藻、直链藻、羽纹藻
硅藻的优点是：
个体小，适口性好。运动速度及分布情况与幼体活动习性一致，便于摄食，即摄食的机会更多。营养丰富且易于消化吸收，本身及其代谢产物无毒,，不影响幼体、苗种的正常生长。有利于优良浮游单细胞藻类繁殖，保障鱼、虾的营养充足，确保鱼、虾苗吃饱长快，增强抗病力和提高成活率。高效、无残留，保护养殖环境，稳定水质，不污染池塘。有效降低水中氨氮含量，溶氧度高，水色好。
绿藻：
绿藻：盘星藻、新月藻、栅藻衣藻、空球藻、空星藻、实球藻、水网藻（对鱼苗有害）、水绵（水体清瘦丝状藻类）、微芒藻。
1.绿藻的应用：
由于绿球藻具有易培养、细胞壁薄、营养丰富等特点，目前主要作为饵料应用于水产养殖业中。
2.绿藻的优缺点：
在我们池塘养殖中大量生长的多为小球藻，因其个体较小，营养丰富，是轮虫的优良铒料。能够使水体中产生大量轮虫，较为适合鱼、虾、蟹幼苗的培育。可直接作为水产幼苗的开口饵料，也可培育轮虫用来喂养幼苗；但由于其个体较小，养殖的成品鱼类对其的利用率不高，可作为调水产品来使用。
黄藻、膝口藻
黄藻、膝口藻在温暖的季节，常出现于肥沃的鱼池水体中。大量繁殖时，形成云彩状水华，水色呈黄绿色。是鲢、鳙鱼的好饵料。冬季初级生产力集中在温带中或富营养型湖泊中；冬季在低光照、短日照和低温下，浮游植物生产力和生物量一般较低。当水面封冰时，如果冰层不厚且无积雪复盖，冰下的光照度通常远高于藻类的补偿点，光合作用仍可不同程度地进行着。当冰层由厚的乌冰组成或冰上长期覆雪时，净产量转为负值，由于冰下无湍流藻类易下沉，生物量降到最低点。
冰下浮游植物主要由隐藻、甲藻、金藻等鞭毛藻类组成。
春季首先是硅藻种群的大量增长。硅藻高峰期一般不超过3个月，此后由于硅酸盐枯竭(＜0.5mg/L)或其他原因(动物滤食、菌类寄生等)，种群开始消退并为绿球藻类或某些甲藻所取代。这段时期如果生产层的养分能及时得到补充，生产力仍然很高。
夏、秋季节随着绿藻的发展，水中含氮量降到极低点，因而仲夏以后固氮蓝藻(鱼腥藻、束丝藻等）取代绿藻而急剧增长。蓝藻此时占优势的原因还与高温度(25℃以上)、强光照、高pH值以及较少被采食等有关。蓝藻水华期生物量很高，但生产力通常下降。
秋后光照的减弱和温度下降等原因，会引起蓝藻种群突然性地消退。
此后，随着秋季水层的垂直混合，环境条件又和春季类似，因而出现了硅藻的第二次高峰。
